El CIGEO fue fundado en octubre de 1990 con el apoyo de la Agencia Sueca de Cooperación Científica (SAREC), y la Universidad Nacional Autónoma de Nicaragua (UNAN-Managua). Desde su inicio el centro ha venido estructurando y desarrollando un equipo de científicos, mediante la capacitación con maestrías y doctorados.

El CIGEO, es un centro en desarrollo que persigue, mediante su propia dinámica, consolidarse como una institución líder en la investigación en el área de las Ciencias de la Tierra a nivel nacional con proyección internacional.

El Centro impulsó la creación de la carrera de Ing eniería Geológica en la UNAN-Managua y fundó en el año 1997, el primer Museo de Geología en Nicaragua y en 1998 fue inició el Programa Multidisciplinario de Investigación Ambiental (PMIA).

Con la colaboración de la Agencia Suiza para el Desarrollo y la Cooperación (COSUDE) y la de SAREC, la Facultad de Geología de la Universidad de Barcelona, los Institutos de Geofísica, Geología y Geografía e Ingeniería de la Universidad de México, la Escuela Centroamericana de Geología de la Universidad de Costa Rica, entre otros, el CIGEO desarrolla y dirige el Programa de Maestría en Evaluación de Riesgos y Reducción de Desastres.

También realiza con frecuencia cursos cortos y seminarios-talleres de actualización técnico-científica. Adicionalmente, publica periódicamente la Revista Tierra difundiendo a través de ésta información general en el campo de la Geociencias.

Actualmente, el CIGEO realiza investigaciones sistemáticas en el campo de la Geología, Geofísica, Hidrogeología y Geotécnia. También apoya la Docencia en la Carrera de Ingeniería Geológica así como con el asesoramiento de Tesis en ésta, en Ingeniería Civil y en la Maestría.